傳統母種的生產以試管（斜面）為準，因此母種也被稱之為試管種。

食用菌生產中，試管被用于進行母種生產主要是因為管口較小不易污染，且在存放和觀察方面比較方便。依據菌種保藏、活化和生產等目的的不同，常使用15×150mm、18×180mm和20×200mm等大小不同的規格試管。如在羊肚菌母種的生產操作中通常以18×180mm規格的試管為宜，一支試管可進行6-8瓶原種的轉接。小規格試管接種量則不夠，大試管則操作不便。

在實際的生產和科研中，也有使用平皿進行母種的培養，優勢是平皿容積較大，是試管生產量的數倍；且開合方便，便于大規格生產。但缺點是操作難度較大、不易掌握；在科研中，平皿培養在菌種分離、菌絲形態觀察、菌株鑒別、活力檢測中也優勢明顯。下面就平皿在羊肚菌菌種生產中的使用進行詳述：

平皿，也被稱為平板、培養皿，分玻璃制品或塑料制品。玻璃制品可反復清洗滅菌使用，塑料制品通常為無菌的一次性產品。平皿呈上下兩部分扣合而成，稱為一套。研究和生產中常以直徑9cm規格的平皿為宜，另有12cm直徑，但不要超過15cm，大平皿的單手開合動作更為復雜。

塑料平皿通常是已經經過環氧乙烷或伽馬射線消殺處理過的無菌產品，儲存在密封的塑料袋內，一次性使用，不可反復滅菌再用。相對應的玻璃平皿則可以反復清洗，晾干、滅菌后使用。

玻璃平皿的滅菌可選用高壓蒸汽滅菌或干熱滅菌。

高壓蒸汽滅菌的滅菌方法和常規試管斜面或培養基的滅菌方法相同，用牛皮紙或雙層舊報紙或平皿滅菌專用不銹鋼鐵桶將清洗干凈并晾干的平皿，按照一套套的包扎捆綁，置于高壓蒸汽滅菌鍋，121℃滅菌30min，之后置于50℃烘干機中烘干24h后使用。在使用前，所有的平皿都被牛皮紙或舊報紙捆扎嚴實，不與外界直接接觸，且必須烘干徹底。

干熱滅菌是實驗中玻璃制品的常用滅菌方法，具體操作是將清洗晾干的平皿按照一套套的裝入滅菌鐵桶中，或用牛皮紙捆扎（不可用報紙，報紙不耐高溫），置于干熱滅菌柜，165℃滅菌4h；冷卻后使用。

平皿培養所用的培養基為固體培養基，需要單獨配制。常用的培養基是PDA（土豆-葡萄糖-瓊脂培養基）培養基。培養基配制完成后分裝200mL置于250mL規格的三角瓶內，封口膜封口后高壓蒸汽滅菌，冷卻后使用或保存備用。

首先將滅好菌的平皿或一次性平皿（不拆封）、酒精燈、打火機等操作用具置于超凈工作臺內，打開紫外燈，消殺20~30min；關閉紫外燈，打開風機，吹風10-15min；打開白燈，開始后續的倒平皿操作。

在超凈工作臺內消殺的同時，將前期制作的固體培養基在微波爐或電爐上徹底溶解，待溫度降至50~60℃時（手能承受的最高溫度），開始下一步重要操作：倒平皿（以下操作均在超凈工作臺內完成）：雙手和工作臺面用75%的酒精棉球擦拭消殺；打開酒精燈；解開捆扎的平皿置于一邊，打開冷卻至50~60℃的培養基；左手單手拿平皿和開合蓋子（小拇指和無名指彎曲托著底蓋，中指其固定作用，大拇指和食指張開，起著開合上蓋的作用，上蓋的開口方向在酒精燈火焰位置），右手拿培養基的三角瓶，將培養基傾倒于平皿內；平皿傾倒完成之后，蓋子扣合完整，置于臺面內冷卻備用。每個平皿傾倒15mL左右，200mL固體培養基制作13-14個平皿為宜。倒好培養基的平皿扣合完整平置于實驗臺面冷卻凝固后使用。

冷卻徹底的平皿開始接種作業，接種同樣在酒精燈火焰周圍無菌操作，首先左手拿活化的菌種管口在酒精燈火焰上輕微過火2~3秒進行消殺；右手拿接種針，接種針在火焰上灼燒滅菌后，右手小拇指、無名指和中指配合打開左手試管的試管塞，試管口繼續在火焰上灼燒2~3秒，在近火焰周圍用接種針鉤取菌種塊出來，保持菌種塊在接種針上不動，將試管塞蓋好后放在工作臺上；左手空閑下來拿起冷卻的平皿，按照前面傾倒培養基的動作打開蓋子，將菌種置于平皿中間，蓋上蓋子；接種針繼續在火焰上灼燒滅菌，接種完畢。接種后的平皿需要用封口膜封口固定，優選商用具透氣性的封口膜。封口后置于恒溫培養箱內倒置培養。

羊肚菌長速較快，在23℃恒溫狀態下，通常3-4天可長滿9cm直徑的平皿，5-7天可以使用。健壯的平皿菌絲長勢均勻，氣生菌絲量適中均勻，顏色白色至黃白色，菌核白色細?。ㄩL期培養，菌核增大變黃）。

平皿接原種，同樣在超凈工作臺內完成，通常使用雙人雙面超凈工作臺。超凈工作臺消殺后，兩人（或四人）對坐，一人負責從平皿中挖取菌種、放置菌種至原種瓶內，具體的動作流程和前面培養基傾倒和接種流程近似；另一人則負責開合原種瓶蓋子。兩人配合完成作業。